법무법인(유) 화우

제주시가 2025년 11월까지 비상장법인 과점주주를 대상으로 취득세 세무조사를 실시한다고 발표했습니다. 발행주식의 50%를 초과 소유하고 권리를 실질적으로 행사하는 경우, 해당 법인의 부동산 등 재산을 소유 지분에 비례해 취득한 것으로 간주하여 취득세가 부과됩니다. 주식 변동에 따른 취득세 납세의무 발생 사실을 인지하지 못한 도내·외 비상장법인이 주요 조사 대상이며, 기한 내 미신고 시 20%의 가산세와 추가 가산세가 부과될 수 있어 각별한 주의가 필요합니다.

1. 조사 배경 및 개요

2. 과점주주 취득세 제도의 이해

3. 조사 대상 및 방법

4. 시사점

1. 조사 배경 및 개요

제주시는 2025년 6월 11일 오는 11월까지 비상장법인 과점주주를 대상으로 취득세 세무조사를 실시한다고 발표했습니다. 이번 조사는 주식 변동에 따른 취득세 납세의무 발생 사실을 충분히 인지하지 못해 신고를 누락한 도내·외 비상장법인들을 주요 대상으로 합니다.

과점주주 취득세는 지방세 취약 분야 중 하나로, 많은 납세자들이 신고 의무를 놓치기 쉬운 영역입니다. 제주시는 이러한 현실을 감안하여 체계적인 조사를 통해 적정한 세수 확보와 함께 납세자들의 인식 제고를 도모하려는 것으로 이해됩니다.

2. 과점주주 취득세 제도의 이해

과점주주 취득세는 비상장법인 주식 또는 지분을 취득해 과점주주가 된 경우, 해당 법인이 보유한 부동산 등 재산을 소유 지분에 비례해 취득한 것으로 간주하여 부과하는 세금으로, 여기서 과점주주란 발행 주식의 50%를 초과 소유하고 권리를 실질적으로 행사하는 주주를 의미합니다.

이는 실제 부동산을 직접 취득하지 않았더라도, 법인을 통한 우회적∙간접적 방법의 취득으로 보아 과세하는 제도적 장치로서, 현행 지방세법에 따르면 과점주주가 된 경우 해당일로부터 60일 이내에 부동산 등 소재지 관할 시·군·구에 취득세를 신고·납부해야 합니다.

3. 조사 대상 및 방법

이번 조사의 주요 대상은 주식 변동에 따른 취득세 납세의무 발생 사실을 인지하지 못해 신고를 누락한 도내·외 비상장법인입니다. 제주시는 납세자 불편을 최소화하기 위해 서면조사를 원칙으로 하며, 법인 결산 장부 등을 요청하여 다음 사항들을 중점 확인할 계획입니다:

• 취득세 과세 대상 재산 보유 여부
• 주주 간 특수관계 여부 
• 취득세 신고 여부

취득세 납세의무 있는 자가 기한 내에 신고·납부하지 않는 경우 20%의 가산세와 납부 지연에 따른 추가 가산세가 부과됩니다. 따라서 가산세 부과를 방지하기 위해 과점주주 취득세 납세의무가 있는 기업이나 개인은 취득세 과세대상 여부를 면밀히 파악하고 납세의무 발생이 확인되는 경우에는 신속히 신고·납부할 필요가 있습니다.

4. 시사점

이번 제주시의 과점주주 취득세 세무조사는 지방자치단체가 세수 증대와 과세 형평성 제고를 위해 취약 분야에 대한 관리·감독을 강화하고 있음을 보여주는 사례입니다.

비상장법인을 운영하거나 주식을 보유한 기업과 개인은 다음 사항에 유의해야 합니다. 첫째, 주식 취득 시 과점주주 해당 여부를 면밀히 검토하고, 해당 시 60일 이내 취득세 신고·납부 의무를 이행해야 합니다. 둘째, 법인의 부동산 보유 현황과 주주 구성을 정기적으로 점검하여 예상치 못한 세무 리스크를 사전에 방지해야 합니다.

특히 M&A나 지분 투자를 통해 비상장법인 주식을 취득하는 경우, 취득세 부담을 미리 산정하여 투자 의사결정에 반영하는 것이 중요합니다. 또한 과점주주 해당 여부가 불확실한 경우에는 관할 지방자치단체 세무과에 사전 문의하여 명확히 하는 것이 바람직합니다.

앞으로도 각 지방자치단체가 과점주주 취득세를 비롯한 지방세 취약 분야에 대한 관리를 강화할 것으로 예상되므로, 관련 기업들은 전문가의 도움을 받아 체계적인 세무 관리 체계를 구축할 필요가 있습니다.

화우 조세형사PG는 조세 관련 형사사건에 관해 과세관청 조세범칙조사단계부터 고발 후 수사기관 수사단계, 기소 후 형사공판단계에서 최적의 법률서비스를 제공하고 있습니다. 특히 화우는 검찰, 국세청 등 유관기관 출신 전문 변호사들이 주축이 되어 치밀한 법리구성 및 논리개발 등 면밀한 대응을 통해 최선의 결과를 도출해 왔습니다.